La taxonomie est la science qui permet de nommer les organismes vivants . Le mot taxonomie a été créé par Augustin Pyrame de Candolle en 1813. Dans sa Théorie élémentaire de la botanique ou exposition des principes de la classification naturelle et de l'art de décrire et d'étudier les végétaux, il désigne dans sa « théorie des classifications » la méthode de ce qu'il a qualifié de « bases de la botanique philosophique ».
Taxonomie et taxinomie veulent dire exactement la méme chose à priori. Mais le premier est incorrect en français, taxonomie fut corrigé par Littré en taxinomie parce qu`il est formé des deux racines grecques: "taxis" et "nomos" qui signifient respectivement "rangement" et "loi" ou "règle.
Le mot "taxon", introduit bien tard, et qui n`a rien à voir avec la taxinomie. Taxonomie permet de nommer, taxinomie d'utilier des clés dichothomiques pour trier voire classer.